Baptisé « Etudes-théologie », cette structure a pour tâche de travailler « aux défis posés par la pratique de la foi chrétienne dans les domaines de l’ecclésiologie, de la théologie des ministères, de la liturgie et du dialogue œcuménique ». Ce département sera aussi appelé à tisser des liens avec les départements de théologie des Eglises membres de la FEPS, ainsi qu’avec les facultés de théologie et les instances intéressées.