Pour sa formation pastorale, il choisit de s’inscrire dans l’Eglise confessante, opposée au régime nazi. C’est ainsi qu’il fera la rencontre de Dietrich Bonhoeffer au séminaire pastoral de Finkenwalde, peu avant que celui-ci soit fermé sur ordre du gouvernement.
Ce lien à Bonhoeffer restera, lui aussi, constitutif pour l’œuvre d’Ebeling, notamment sous l’angle des réflexions de Bonhoeffer durant son emprisonnement, sur une interprétation non religieuse des concepts bibliques.

Après sa formation pastorale, sur la recommandation expresse de Bonhoeffer, Gerhard Ebeling retourne à Zurich pour écrire sa thèse de doctorat, qu’il consacre à l’interprétation des Evangiles chez Luther. Il découvre ainsi un auteur auquel il retournera constamment à travers toute son œuvre, car il voit chez le Réformateur de Wittenberg une véritable école du travail théologique. Il apprend aussi, par le biais de son travail de doctorat, l’importance d’une réflexion sur la question de l’interprétation, qu’on appelle communément l’herméneutique. C’est cette discipline qui inspirera constamment le travail théologique ultérieur d’Ebeling.

Mais auparavant, il retourne en Allemagne pour devenir pasteur dans l’Eglise confessante. Il accomplira cette tâche pendant toute la Seconde Guerre mondiale, et c’est seulement après celle-ci que commencera la carrière universitaire. A Tübingen, d’abord, comme professeur d’histoire de l’Eglise, puis comme professeur de théologie systématique; à Zurich ensuite, avec un bref intermède à Tübingen, comme professeur de théologie systématique, puis d’herméneutique et de théologie fondamentale.

Les œuvres résultant de cette carrière sont nombreuses, mais peu seulement d’entre elles ont été traduites. C’est la raison pour laquelle un recueil d’articles en traduction française a été publié à l’occasion de son centenaire, sous le titre Répondre de la foi. Réflexions et dialogues (Genève, Ed. Labor et Fides, 2012). Regroupant des articles parus de manière éparse dans différentes revues et des articles dont la traduction est inédite, l’ouvrage présente les principes fondamentaux de la théologie d’Ebeling ainsi que quelques-uns des dialogues qu’il a menés, notamment avec Luther, Barth, Buber, Heidegger et Bonhoeffer.

Complété par une postface donnant une vue d’ensemble sur la vie et l’œuvre d’Ebeling, le recueil contient également une interview avec Ebeling concernant son lien à Bonhoeffer et une prédication de Vendredi-Saint donnée dans l’église du Fraumünster à Zurich. L’ouvrage sera utile à quiconque souhaiterait se familiariser avec cette théologie assumant l’effort de répondre de la foi chrétienne dans la situation actuelle.