Un ordre de déporttation fut délivré six semaines après l'arrivée du jeune théologien suisse. Il réussit à faire fuir une dizaine de personnes dans la pagaille du départ précipité. Il épousa Cécile, une femme de religion juive, dont une partie de la famille fut exterminée dans les camps de la mort.

A la fin de la guerre, il fut sollicité pour assister d'anciens criminels de guerre nazis détenus dans la prison centrale de Lille. Après neuf ans au service des condamnés SS, il demanda la grâce de neuf d'entre eux au président de la République, René Coty. Il l'obtint. Ce n'est que très récemment que Hans Schaffert a accepté de parler de son destin exceptionnel à l'un des de nos collaborateurs. Il ne figure pas dans le livre de Paul-Emile Dentan. Un silence dû sans doute à l'humilité même de Hans Schaffert, qui fait simplement remarquer: "Dieu m'a donné la possibilité de sauver des vies et je l'ai fait". Hans Schaffert a reçu la médaille des Justes. Un arbre porte son nom au Mémorial Yad Vashem en Israël.